VesselKnife
Jednym z zagadnień diagnostyki medycznej jest analiza obrazów angiograficznych w celu identyfikacji i wyznaczenia przebiegu naczyń kwionośnych. W założeniu VesselKnife ma być narzędziem do testowania metod i algorytmów segmentacji obrazów angiograficznych oraz tworzenia opisu wektorowego drzew naczyń krwionosnych.
W programie zawarto zaawansowane algorytmy przetwarzania obrazów rastrowych (w tym generator funkcji unaczynienia) oraz algorytmy umożliwiające wektoryzację danych (wyznaczenie przebiegu linii środkowych naczyń krwionośnych, punktów ich rozgałęzień i średnic). Część algorytmów to moje własne opracowania, część bazuje na bibliotece Insight toolkit. Algorytmy wieloskalowej funkcji unaczynienia oraz zastosowanie algorytmu szkieletyzacji zostały zaproponowane przez Grzegorza Dwojakowskiego i Adama Sankowskiego (doktorantów Instytutu Elektroniki).
VesselKnife zawiera również oryginalne algorytmy do wizualizacji trójwymiarowych danych obrazowych, w tym do obrazowania przeziernego. Obrazy 3D będące wynikami działania różnych algorytmów, mogą być przedstawiane za pomocą róznych barwowych, nakładane na siebie i porównywane. W implementacji modułu wizualizacji skorzystałem bezpośrednio z biblioteki OpenGL.
VesselKnife jest wciąż rozwijany. Zamieszczone poniżej wersje wykonywalne są wględnie stabilne ale wciąż nie są pozbawione błędów. Program jest udostępniony do zastosowań niekomercyjnych na licencji GPL3. Kody źródłowe są dostępne w repozytorium GitLab.
Dokumentacja
Instrukcja vesselknife.pdf
Przykłądowy obraz 3D wykorzystany w instrukcji bifurkacja.nii.gz
Do pobrania
Oprogramowanie jest dostarczane „tak jak jest”, bez jakichkolwiek gwarancji, wyraźnych ani dorozumianych, w tym między innymi gwarancji przydatności handlowej, przydatności do określonego celu i nienaruszania praw. W żadnym wypadku autorzy lub właściciele praw autorskich nie ponoszą odpowiedzialności za jakiekolwiek roszczenia, szkody lub inną odpowiedzialność, czy to z tytułu umowy, czynu niedozwolonego, czy w inny sposób, wynikającą z, lub w związku z oprogramowaniem lub użytkowaniem lub innymi transakcjami w Oprogramowanie.
Wersja dla Linuxa 64 bity vesselknife2204_amd64.tar.gz
Wersja dla Windows 64 bity vesselknife2204_win64.zip
Źródła vesselknife2204_src.zip
Archiwalia
Wersja dla Linuxa 64 bity vesselknife1812_amd64.tar.gz
Wersja dla Windows 64 bity vesselknife1812_win64.zip
Źródła vesselknife1812_src.zip
Wersja dla Linuxa 64 bity vesselknife1711_amd64.tar.gz
Wersja dla Windows 64 bity vesselknife1711_win64.zip
Źródła vesselknife1711_src.zip
Wersja dla Linuxa 64 bity vesselknife1508_amd64.tar.gz
Wersja dla Linuxa 32 bity vesselknife1508_i386.tar.gz
Wersja dla Windows 32 (nie polecana ze względu na ograniczenia pamięci) vesselknife1508_win32.zip
Źródła vesselknife1508_src.zip
Wersja dla Mac OS X (wkład Artura Klepaczko) vesselknife1504_mac.zip