Lista przedmiotów z materiałami udostępnionymi dla studentów

Dla_studentów
  • Increase font size
  • Default font size
  • Decrease font size

Weronika Pietrzak

Analiza rodzajów podjednostek hemoglobiny ludzkiej z wykorzystaniem narzędzi bioinformatycznych


Analysis of human hemoglobin types using bioinformatics tools


Opiekun pracy dyplomowej: dr inż. Aleksandra Królak
Praca dyplomowa inżynierska obroniona 2020-03-04
Streszczenie pracy dyplomowej:
Celem pracy była analiza i porównanie struktury oraz wizualizacja hemoglobiny typu A (HbA) i typu S, występującego w niedokrwistości sierpowatej (HbS). Kod genetyczny dla obu typów został pozyskany online. Mutację stwierdzono na pozycji 70 w sekwencji DNA. Po translacji do łańcucha aminokwasowego, mutacja ta okazała się odpowiadać aminokwasowi na pozycji 6. w łańcuchu β. Kwas glutaminowy na pozycji 6. w HbA został zastąpiony waliną w HbS. W realizacji badań wykorzystano szereg narzędzi bioinformatycznych open-source, takich jak Genbank, BLASTx, Global Alignment Tool, SWISS_MODEL oraz PyMOL, do analizy kodu genetycznego, struktury aminokwasów i generowania trójwymiarowych modeli. Modele te zostały następnie poddane dalszej analizie w celu zbadania właściwości poszczególnych łańcuchów i całej cząsteczki. Słowa kluczowe: hemoglobina, bioinformatyka, anemia sierpowata, HbS, HbA
Abstract:
The aim of the work was to structurally analyse, compare and visualise adult haemoglobin type A (HbA) and type S occurring in Sickle Cell Anaemia (HbS). The genetic code for both types was sourced online. A mutation was found on position 70 in the DNA sequence. After translation to an amino acid chains, that mutation turned out to correspond to amino acid in position number 6 in the β-globin chain. The glutamic acid in position 6 in HbA was substituted to valine in HbS. To complete the study, a number of open-access bioinformatics tools, such as Genbank, BLASTx, Global Alignment Tool, SWISS_MODEL and PyMOL, was used to analyse the genetic code, amino acid structure and generate 3D models. The models were then analysed further to investigate properties of individual chains and the whole molecule. Keywords: hemoglobin, bioinformatics, Sickle Cell Disease, HbS, HbA